彼时，三清开门建派根基渐稳。三教皆将道场立于昆仑山，只因洪荒缥缈，天命未到，三教未曾大势。而其中通天教主因遵守有教类，门下一昧乱收，使得元始天尊反感，渐生分歧，虽有太上老君和解，也绝难调停。最终三清分家，阐教独占昆仑山玉虚宫，通天教主率领众徒迁往金鳌岛碧游宫，而老君则于大罗天自设道场兜率宫，不问尘世。

此后阐教、截教兴起，而接引、准提衍西方教，接引非大事不出西方以还大愿，准提奔走四方广收有缘。

而因东皇太一及妖皇帝俊殒落，天庭主，鸿钧老祖命身边童子“太昊”为天庭“少皞天帝”，也称“昊天天帝”，又命其童女“琼瑶”为天庭瑶池王母。

另一边，巫妖大战之后，人族终于成为天地主角，此时地界残存的巫族眼见人族渐渐繁衍壮大，侵占自己的土地，亦是死灰复燃，视人族为死敌，开始与人族争夺利益，大战久斗不休。奈何人族合该大兴，伏羲以人皇之名统一中原，并引用其母华胥之名，称中原之众为华族。受太上老君册封为“火云宫天皇圣人”，并传位于炎帝“烈山氏”。

炎帝共主中原多年，巫族也已恢复大半势力。以大巫“蚩尤”八十一兄弟为首，召集剩余巫族中人，引得八方来投，成立九黎部落。集部落之力，以巫族秘术创十二都天神煞大阵，聚十二祖巫之灵为己所用，又得阿修罗魔教“魑、魅、魍、魉”之助，铸魔兵，纠集旧时洪荒天庭“风伯”、“雨师”，大聚兴祭，炎帝与之久征不下终致势衰。

而人教为振兴门派，太上老君大弟子玄都下界论道。见有熊部落首领“少典”与“附宝”之子“公孙轩辕氏”乃天命之子，生而神灵。于是助其一统部落称帝，号为“轩辕黄帝”，又让其拜师阐教元始天尊二弟子广成子门下。

当其时，蚩尤作乱，加之诸侯之间相互攻伐，残害百姓，而炎帝与蚩尤交战之后，早已没有能力统一中原。黄帝乃训练士兵使用武器，征讨各路诸侯俯首称臣。后炎帝率军来攻，黄帝在坂泉郊野与炎帝经过三次交战，黄帝取得胜利，约定炎、黄共治天下，两族和平共处。而此时蚩尤尚在，于是黄帝调集诸侯大军,在涿鹿之野与蚩尤交战。

当时，龙族有一例外，不在当初祖龙之众，便是“应龙”。应龙龙首龙身而双翼，为众龙之宗，生青、赤、黄、白、黑五龙，五龙又生群龙，群龙居于昆仑山巅龙池。为抵抗蚩尤，炎帝与黄帝兵合一处。早有众龙之宗应龙自昆仑山巅龙池下山，为分人族一点气运前来相助共伐蚩尤，又有昊天天帝先派九天玄女赠送天书于黄帝，后遣旱魃止住风伯、雨师，共破蚩尤，灭其部落。人族屡屡得胜，蚩尤败倒如山，天下始得大定。一部分普通巫族也只得融入人族，以蚩尤九黎之黎民与炎黄子孙之百姓分称。

此时炎黄境内，烈山氏隐退，因其不忍人族之中或因战乱、或因瘟疫、或因意外等天灾人祸而受伤、生病，又不通疗伤、治病、调养之道而发愁、痛苦，其走遍千山万水、遍尝百草，济世救人，称为“神农氏”，受太上老君册封为“火云宫地皇圣人”。

而轩辕氏举为人族共主，在涿鹿山坳处创建都邑。设置左右大监,监理各国，任用风后、力牧、常先、大鸿治理百姓。又顺应天地四时规律，推测阴阳气候的变化，论说生死的道理，分析存亡的原因。再依照神农氏所留栽种谷物、草木之法，让人族按时节劳作、收获。加之驯化鸟兽、昆虫，以养民生，垂衣裳而治天下。

后世之人在黄帝部下“仓颉”造字大成之后，将黄帝所集道家多种学说著成《黄帝内经，又将神农所尝百草写成药书医典，称之为《神农本草经。

及至黄帝治世百载，由应龙之子“黄龙”下天迎接，黄帝即飞升天界，受太上老君册封为“火云宫人皇圣人”。

因炎帝、黄帝汇????????????战蚩尤之时，昊天天帝派九天玄女和旱魃支援才获大胜，以至大巫“刑天”一怒之下逆天而行，竟以其一己之力讨伐天庭，使干戈、金盾以战昊天天帝。当其时，只数十回合刑天便被昊天天帝一剑斩下头颅，不料刑天怨念太深，冲天的暴戾之气化乳为眼，化脐为口，反杀昊天天帝，之后身死道消。

千年来，人世之间不知经过多少代部族人王之治，乃有三皇，又有五帝为最。

当初，黄帝娶西陵氏女子“嫘祖”为妻，封黄帝正妃。嫘祖生下两子，一名玄嚣，也叫青阳，在江水立国；一名昌意，在若水立国。昌意娶蜀山氏女子“昌仆”为妻，生下高阳，后为五帝之一颛顼。

于帝“颛顼”继位时，昊天身死不久，天庭众神争夺帝位，有东方水神禹猇、南方水神不廷胡余、西方水神弇兹、北方水神禹疆争帝不成而殒落，致天降洪水。颛顼大怒，乃命其长孙南正司天“重”托天奋举，又命其二孙北正司地“黎”按地力压，使天极高而地极深，神、人不扰，史称“绝地天通”。

颛顼去世以后，其子蝉穷不得帝位。由颛顼之侄，玄嚣之孙，蟠极之子高辛继承帝位，称帝喾，帝喾乃黄帝曾孙。

帝“喾”即位之时，凤凰族开始现世，欲再分人族气运。那时，天空中飞来五只凤凰，颜色各异，按五方颜色：红、黄、白、玄、青而生成，当其时，凤凰见人间尚有洪水泛滥而回。