在清理完这次叛乱的残党后，孙綝暂时控制住了局面。后来被吴帝孙亮提拔为大将军，受封为永宁侯。

但是，反对孙綝的浪潮还没有结束。

孙綝的从兄孙虑就是一个。

孙虑在帮助孙綝平定吕据等人的发难后。得到的好处却很少。于是孙虑很不满。并密谋与将军王惇共谋杀害孙綝。

孙綝在发觉后，立即杀掉了王惇。孙虑则被迫服药自杀。

稳定了人心之后，孙綝准备又从吴帝孙亮身上开刀。

257年四月，孙亮开始亲政。孙亮选出了十五岁到十八岁的士兵三千人。并以这些人中挑选了年少有为的人担任指挥，孙亮说道：“我组建这样一支军队，是想跟你们一起成长。”

在魏国诸葛诞叛乱之后，孙綝从前线返回到了建业之后。孙亮派人去问责孙綝救援不成而诛杀大将朱异之事。

孙綝害怕会对自己不利。回到建业之后。称起了病不上朝谒见孙亮了。

而且，孙綝还暗自在建业城的朱雀桥南边修建宫室。并命令其弟威远将军孙据负责守卫宫禁苍龙门。另一个弟弟武卫将军孙恩，偏将军孙干，长水校尉孙闿分别驻守各个营地。孙綝想以此来控制都城建业，以求自保。

258年，孙亮因为对孙綝一些不臣的行径大为不满。

于是，孙亮借口追究自己三姐朱公主孙鲁育被杀事件。

孙亮因此还下了诏。

诏书的内容是，孙亮愤怒责备了孙綝的亲信虎林督朱熊与外部督朱损当年没有匡正孙峻诛杀鲁育公主的错误。

孙綝得知后。上表孙亮上谏为他们求情（他们包括朱熊，朱损和孙峻）。

但是孙亮并不在意孙綝上表，依然派遣了左将军丁奉诛杀了朱熊与朱损。

其实孙亮假借这件事，是为了表达对孙綝的不满。

于是，孙亮与孙綝的关系逐渐变得非常险恶了。

而且此时，孙亮与孙綝的矛盾已经公开化了。大庭广众之下，满堂文武皆知此事。

孙亮还私下与其大姐全公主孙鲁班，太常全尚，将军刘承等人共同讨论诛杀孙綝的事宜。

但是这个密谋泄露了。

孙亮的一个妃子偷偷知道了这件事。而且这个妃子是孙綝的外甥女。于是，这个妃子偷偷向孙綝密报了此事。

孙綝得知后，连夜带兵缉拿了全尚。并派遣自己的弟弟孙恩在苍龙门外杀害了刘承，然后，孙綝举兵包围了皇宫。

孙綝举兵包围了皇宫。并命令光禄勋孟宗到宗庙祭祀先帝，召集群臣宣布废掉孙亮。

后来，群臣十分震惊。无人敢违抗孙綝的命令。

于是，孙綝派遣中书郎李崇夺取了玉玺，并以诏书的形式向全国公布孙亮所谓的罪状。

其中尚书桓彝不肯在诏书上签名。就被孙綝杀害。

孙綝这种行为叫作擅行废立，作法犹如魏国司马师。只不过司马师比他好一点。孙綝是强行进行废立的。一点理由都没有。

后来，典军施正劝孙綝立孙权第六子琅邪王孙休为皇帝。

孙綝这时也想不出合适，于是就答应了。

于是，孙綝就命令宗正写信给孙休，随后将孙休迎回建业登基称帝。另外，孙綝将已经废掉的孙亮贬为会稽王。送回封国；并将全公主迁徙到了豫章郡，全尚则被流放到零陵郡。

孙休即位后，孙綝不忘上疏给孙休，来表示自己的忠心。孙休则下诏奉封孙綝为丞相大将军兼领荆州牧。

孙綝的兄弟们也都相继被封了官。

至此孙綝一门五侯，皆掌管禁军部队，权力远远超过皇帝。

自从孙休即位吴国皇帝以来，孙綝的势力就越来越嚣张了。