孙恩已经不足为患，司马元显决定讨伐桓玄。桓玄对朝廷的威胁比孙恩还大，已经出现割据自立的迹象。司马元显决定先发制人进攻桓玄。

402年，司马元显昭告天下历数桓玄的罪行，率军讨伐桓玄。

司马元显自封征讨大都督，任命刘牢之为前锋都督，率领经过升级扩建的舰队西征。

桓玄也不示弱，提兵迎战。他传檄天下历数司马元显的罪状，率领舰队东征。

晋军集结已毕。司马元显登上战船心里又没底了，迟迟不肯下令开拔。大军就在江边耗着。刘牢之一看他不走，自己也按兵不动。

桓玄顺江东行走了一半的路了都没见到司马元显的军队，心中大喜，知道司马元显怕了自己，挥军直杀建康。

司马元显听说桓玄杀来，弃船上岸，退守建康。

刘牢之对司马元显专权素有不满，不愿再替司马元显卖命，暗中投靠了桓玄。

桓玄大军兵临城下。司马元显列阵迎战却不敢临阵指挥，躲在家里。主帅怂成这样，手下将士更心虚了。桓玄的军队在城下列阵，大喝一声“放仗”（放下武器）！司马元显的兵“哗”一下都跑了。

桓玄兵不血刃进了建康。

他控制了朝廷，以晋安帝的名义将司马元显一家处斩、司马道子流放。朝中文武对司马元显素无好感，默然接受桓玄取代司马氏的现实。

桓玄任命刘牢之为会稽内史，让他交出兵权。刘牢之大怒，召集手下将领准备跟桓玄开战。他的参军刘袭对他说，你当初背叛王恭投降司马元显，刚不久又背叛司马元显投降桓玄，现在又要背叛桓玄。“一人三叛，何以自立”！刘袭说完扭身走了。他的部将也随之散去。刘牢之羞愧难当，上吊自杀。他的军队和地盘全部被桓玄接管。

孙恩趁东晋内乱又上岸袭扰。但他的军队这时已经很少了，东晋地方部队就把他打败。孙恩不想被官军抓俘虏，跳海自尽。他的追随者几百人也跟着跳了下去。

孙恩死后，残余部众推举孙恩的妹夫卢循为首领。

桓玄刚刚入主建康，不愿多事，试图诏安海盗武装，任命卢循为永嘉太守。这给了海盗喘息的机会和东山再起的机会。“循虽受命，而寇暴不已”。卢循虽然接受了任命成为ZF官员，但依然改不了海盗的残暴习性。

兵祸之后随之而来的是DJH。“三吴大饥，户口减半，会稽减什三、四，临海、永嘉殆尽”。吴国旧地人口减少一半。会稽郡人口减少十之三四。临海（浙江台州章安镇）、永嘉（浙江温州）的百姓几乎都死光了。

桓玄入主建康后清洗朝堂，把司马道子、司马元显一派都撵走。那些人多是阿谀奉承的小人。朝野对此表示欢迎，以为国家有了复兴的希望。没想到桓玄哪里是为了国家，不过是为了自己更好地掌控朝廷罢了。他上来跟司马氏一个德行。

桓玄清洗完司马一党开始清洗刘牢之的部下，杀了包括刘袭在内的刘牢之旧将。当初如果不是刘袭反对刘牢之起兵反对桓玄，桓玄能不能在建康待得住都是一码事。等他在建康站稳脚跟便开始兔死狗烹。

桓玄以自己喜恶清洗朝廷。很多文武官员担心不测，流亡南燕或后秦、北魏。刘袭的哥哥刘轨起兵为刘袭报仇，被桓玄击退后北逃南燕。刘牢之的部分旧将也随之逃离东晋。

桓玄没有杀刘裕。刘裕是一位骁勇善战的大将。桓玄缺少这样的人才，对刘裕加以笼络、重用。

他派刘裕去打卢循。卢循接受招安却仍然为非作歹，行劫施暴，竟然公然派兵袭击东阳（浙江金华）。桓玄决定彻底剿灭这帮海盗。

刘裕果然善战，连战连胜，把卢循打得狼狈逃窜。

卢循不敢再待在江浙，渡海向南逃走。后来卢循夜袭番禺（广东广州），占领了广州。东晋因为桓玄之乱无暇顾及南疆。卢循在广州盘踞多年。

桓玄清洗异己之后相信朝廷已在完全掌控在自己手中，开始谋求篡位。