公元399年——403年?晋安帝即位。孙恩海上起兵，刘牢之破之。桓玄入主建康，掌控朝政。

孙恩聚众造反。朝廷肯定要派兵镇压。桓玄自告奋勇率军助战。朝廷婉言谢绝，不敢让桓玄的军队再靠近建康。朝廷调刘牢之和谢琰[yǎn]的军队去镇压孙恩。

刘牢之原本是谢玄的部下，谢玄死后归入王恭麾下。王恭死后，刘牢之接替了王恭的位子，负责江北七州的防务。

谢琰是谢安的儿子，曾参加过淝水之战，现任徐州刺史。

刘牢之和谢琰联手去战孙恩。孙恩人数虽多，但是乌合之众，战斗力不强，一打就败，一败就跑。孙恩是海盗，老窝在舟山群岛。舟山群岛有不计其数的小岛。孙恩躲进舟山群岛，想找到他无异于大海捞针。

另外晋军水军的舰船也不适合海上作战。海盗船是带密闭舱的，在海上航行不怕触礁漏水，打起仗来也不容易被对方的抛石机砸漏。孙恩的舰船有八个密闭舱。晋军的舰船在内河航行，只担心搁浅，不担心触礁，没有密闭舱设计。并且，晋军的舰船个头小。孙恩的舰船是四层楼船的巨舰，可以轻松碾压晋军。

所以，晋军只在陆上跟孙恩打，撵下海就算完成任务了。

朝廷任命谢琰为会稽太守，负责沿海地区防务，阻止孙恩上岸。

孙恩之乱告一段落。军阀之乱进入GC。桓玄以一敌二竟然不落下风，将殷仲堪、杨佺期先后击败杀掉，吞并了他们的军队和地盘。东晋三分之二的领土都在桓玄的控制之下。

在东晋内乱期间，后秦姚兴趁机攻占了洛阳。北魏拓跋珪南下占领了许州。南燕慕容德攻占了青州，在青州称帝。东晋北部地区的领土急剧萎缩。

面对内忧外患，东晋朝廷无能为力。他们现在守江东都费劲，哪还顾得上江北和江西。

西边的军阀混战刚告一段落，东边的海盗孙恩又卷土重来。

谢琰“不能绥怀，又不为武备”。对部下不关心，对战备也不上心，这样的统帅如何能够打胜仗？

孙恩杀过来的时候，谢琰正准备吃饭。他说等我灭掉这帮贼寇再吃，说完就骑上马出去了。他根本没把这帮贼寇放在眼里，以为手到擒来的事。结果部下不肯为他卖命，一战即败。谢琰被部下在背后下黑手给杀了。

孙恩再次肆虐沿海地区。“孙恩寇临海，人众饿死，散亡殆尽”。沿海地区几乎变成无人区。

朝廷请刘牢之再次出手去对付孙恩。刘牢之很能打，一出手就把孙恩打回大海。但是孙恩这人很难缠。你从这边击退他，他从那边又上岸了。刘牢之就像在玩棒打老鼠游戏，摁下葫芦飘起瓢。

公元401年，孙恩率军十几万，乘坐上千艘高大的楼船，进犯山阴（浙江绍兴）。刘牢之率军将其击退。

孙恩不死心，退回海上后乘船北上，沿途袭扰大陆沿海地区，一直打到长江口。那时上海还是小渔村，被称为“扈渎”。扈是一种打渔工具，类似竹栅。渎是指江河入海口地区。孙恩逆江而上杀入内陆地区。

刘牢之急派部将刘裕率军北上拦截。孙恩率数万人进攻丹徒（江苏镇江丹徒区），眼看就要攻陷城池。城内百姓已经拿起扁担准备做最后一搏。关键时刻，刘裕率军赶到。刘裕部队不顾行军疲劳，立即投入战斗，经过一番激战打跑了孙恩。

孙恩不甘心失败，退回船上继续西进，长途奔袭建康。

京城为之震动。百姓惊恐不安。司马道子无计可施，“唯日祷蒋侯庙为厌胜之术”。他天天去当地据说非常灵验的土地庙祈祷，对孙恩行诅咒之术。

刘牢之亲自率军日夜兼程增援建康。所幸孙恩战舰巨大又是顶风逆行，行驶非常缓慢。等他杀到建康附近，刘牢之已经回防到位。孙恩见无机可乘，只得怏怏离去。

刘牢之不肯放过孙恩，沿途追杀，利用火攻袭击孙恩的舰队。孙恩上岸劫掠更是遭到晋军的迎头痛击。刘裕在扈渎截住孙恩，跟孙恩展开大战，三战三捷。孙恩损失惨重，从此势衰。

司马元显发现晋军的水上优势丧失，大力发展水军。他加强水军的目的，一是对付孙恩，二是对付桓玄。