中书院，门下院，尚书院统称为三院。

中书院实行五中书令制，其中总参谋长，科学院院长，尚书院首辅为固定的中书令，再加二个为专职的中书令。门下院实行议郎制，也就是后来的代表制，议郎不分大小，统一议事和票决。尚书院还是内阁首辅，次辅，大学士加六部。

中书院制定政策，门下院审议批准政策，尚书院执行政策。

兵部只是行政机关，权力被武班人员分摊。其它尚书部下辖的局、司不限，许多新机构都归口到相关的六部管理。近年来，一些经济部门，交通部门，教育部门，都归口到相应的六部管理。

太常寺，光禄寺，太仆寺等部门撤销，并入相应的部门。

除了文武两班外，还有一些特殊的部门直接归皇帝掌握，如大理寺，都察院，情报局，圣院，科学院，通政司。

此崇祯虽然大部对大明原先的部门分沿用，少部分改变，最大的改变是制定各部门的礼法，也就是部门规则，所有部门都按规则办事。

按规则办事，有错也不追责，而是先修改规则，直到把规则修改到最适应社会发展。

历史上，一直存在按章办事，坚持原则，与听上官言，按上官的指示办事之间的矛盾。听上官言，按上官的指示办在谋中程度上还占有主导地位，甚至是唯上官言行办事。

此崇祯来到后，就是制定客观规则，按规则办事，逐渐建立了一些新机构。

此崇祯就是想要旗帜鲜明的尊守规则，按规则办事，上官言也必须符合原则。原先崇祯发言较多，也是为了建立原则。

到崇祯十二年底，十三年初，崇祯实行大小朝庭合并，统一办事。

到了崇祯十三年，许多部门都存在了好多年，一些贯例也被人了解，许部门和岗位也明确了任务和职责。

上官寒明组织的礼法小组之后，修定了许多礼法，有天下之礼法，也有部门之礼和岗位之礼法。天下之礼法简单明了，部门和岗位之礼法种类众多，但只需要相关人员掌握。

崇祯就是在制造一部庞大的机器，希望机器各个零件能正常运转，甚至一些关键的零件部位设置了双重零件，希望偶尔有零件受损，也只是功能受损，但不会影响机器的运转。

机器的运转，就是要尊重机器的客观要求，按照机器本来功能运转，而不能按某人的意志，随意改变。

机器运转是必然状态，运行久了，会发现某些零功能不太好，或者可以再改进，改进的零件有可能比原先更好，这样整个机器也会不断的发展完善。

机器需要及时维修损坏的零件和发展功能还可以改善的零件，使用机器的部门，都会有维修和研发的工作人员。

一个社会也相当于一台功能复杂的机器，也需要维修和研究力量。天下书社就是社会这台大机器的维修工和研究发展的改良力量。

崇祯建造社会这个大机器，总结机器各部位的规则功能，增加整个社会的客观力量，并建立天下书社这种维修研发力量，就是为了社会这台大机器正常运转或运转得更好。