崇祯三年，夏东就旅和民族司的人员随秦良玉回到西南。夏东就旅主要是沿长江两岸活动，同时也有一个加强营进入了著安叛乱后期的中心地区，贵阳府和附近的水西地区。

当时叛乱已平息二年了，战后重建是个问题，主要问题还是要由地方官府承担，新军和民族司的人员做为朝庭的力量增援地方。夏东就旅和民族司的人员处理事务较公正一些，也在西南打出的皇帝直属军队和人员的名声。西南当时存在许多问题，其中较为明显或较严重的是难民问题。

夏东就旅吸收了一部分少数民族的人为辅兵，民族司也有少量少数民族人员加入队伍。同时派来了民工队的队伍，也吸收了一些难民，其中有当时部分是少数民族人员。西南的部分难民被民工队听收后，难民问题有所缓解。

长江帮对四川有所渗透，但力量没有湖广以东的部分强。夏东就旅的来到，加强了新新军在四川的力量，也是一次北方禁军和南方新军的交流，部分禁军留在了四川新军，夏旅也吸收了部分四川当地的新军人员。

几个月后，西南的情况初期汇报到了北京，在许多内容中，其中有一条内容，有少量叛乱分子逃到了雪区。

崇祯当时决定，叛乱的一些问题由地方上慢慢处理，或等全国的文官区域的变化发展，现在先处理民族问题。

于是要求夏东就旅以追踪叛乱分子的名义准备进入朵甘都司区域。

夏东就旅在雅州集结，其中有两个营加入了较多的四川当地新军，也就是说除了到贵州的加强营外，又满编了一个整编旅，且增加了许多辅兵。

明末时朵甘都司和乌斯藏都司都是比较松散，各地头人各自为政，佛教各派争夺也激烈。朵甘都司的重镇昌都，当时有两条重要商路，一条是到四川中部地区，一条是到洱海。

昌都到四川中部的商路经过雅州，夏东就旅就是准备沿旧商路进入昌都。

夏东就旅进入朵甘都司区域后，不干涉地方的行政，主要是修路和扩大经商，也对区域内的土匪进行清剿或对逃到雪区的判乱分子进行抓捕。

雪区也有许多土匪，土匪是一种职业，政府武力不够强或有动乱迹象的时期都有土匪存在。

夏东就旅对在雪区剿匪比较谨慎，先是取得当地的头人认可其土匪身份或确认那里那一部分是土匪，当然重点是那些有抢劫行为的武装力量，然后进行攻打或围剿。

夏东就旅大部分人参加过围困后金兵的战斗，新编入的人员也是训练有素的新军人员，整个旅也相当精锐。新军有多年的剿匪经验，又有当地人和少数民族人员的帮助，指挥人员也成熟起来了，战胜土匪问题不大。

当地的土匪与其他土匪差不多，与后金兵比较还是战力相差太远。即使是一个营甚至是一个连也能剿灭土匪。

四川中部到昌都的沿路两边的许多土匪都被剿灭，因而大明朝庭军受到了当地广大藏民和各族民众的欢迎。即使有个别头人自己私自安排或操纵的土匪被剿灭了，心里不高兴，口头上还是支持剿匪。

朝庭在夏东就旅剿匪的同时，也调民工队来修路，主要修建雅州到昌都的大道，偶尔也修沿边到各城镇的路。新军通过长江和新修的大道，运输给养支持新军进入雪区。

新军剿匪也有少量获取，还能通过贸易购买少量的给养。

道路修宽了，贸易也有扩大的趋势，雪区与四川的联系也有加强的趋势。

二、三个月后，新军到达昌都，昌都的头人也愿和新军交往。新军战力强大，又拥有朝庭的名义，藏族蒙古族头人也不敢轻易开罪新军。

夏东就旅也受命扩充，许多辅兵都转为战兵，有少量民工队人员转为辅兵。藏民也有少量自由民，也有少量人愿意加入民工队。