新皇帝掌握漕运，先是接管军队，禁军接管漕运兵时，原漕运总兵调往别处，总督暂时不动。接管漕运总兵事务的人是原信王体系资历最高的杨令，由杨令接手漕运兵。杨令已经升为了一等侍卫，相当于参将，京官外放升一级的习惯此时也可利用，于是杨令升为副总兵代行总兵之职，同行的还有常延年，常延年已升为了从三品武职，相当于游击，现常延年也升一级，为参将，协助杨令管理漕运兵。

京中禁军主要是训练部和训导部在训练，下级武官都是原信王府系统的军事人员或经过军培训班学习过的新型军事人员，上层还是有一些勋贵，上级勋贵也知现在是新皇，旧时的吃空饷不行了，对下级军事训练和军事组织也放手，只是怎样组织巡逻和警卫，如果确有个别想管过多的人也会受到张维贤等人的劝导，或皇帝的处理。

杨令等人在京城或皇城中不算什么人物，外放出京城还能起到独当一面用，所以杨令，常延年等人调整到运河。

杨令，常延年等禁军官兵，经历过皇城的禁军整编，对整编旧军队已经有经验了。在淮安整军，虽然是独当一面，但整军的对象也没有什么大背景，可以依原先的经验整编旧军队。

杨令接管漕运后，标志着漕兵中吃空饷的现象必须停止。杨令带来了一千禁军和许多有出任千户资格的军官，原先的总兵也带走了一、两个千户，缺员的千户自然由禁军出任，其他千户能留者先挂副职，能适应新形势，不吃空饷者再转变为正千户，不能留者，调走，对部分**由子则调往矿山开矿。

皇帝系统接管漕运，漕运兵自然要扩充到名义上的一万，原先的千户能用者还是有条件留下。扩军不是一天就能扩成，在扩军前，还是要以带来的一千禁军为基础，整编原先的漕运兵。在皇令和禁军前，原先的军官降半级使用也不敢有怨言，因为也有言在先，合格者升任原职，不合格免职。

重新训练漕运兵，使之具有相当的战斗力，是接下来的事，延后是与沿河卫所联合，建立综合防务体系，甚至清剿河边土匪。漕运兵的训练是北方禁军与南方纤夫军合作的结果，在此过程中，沿河皇帝系统掌握的卫所和纤夫帮给以了大力支持，最初是提供了漕运兵缺员的兵员，后来，漕运兵反而可以向其它沿河卫所提供军事干部，帮助沿江地区训练新兵。

原先从事运输的帮派也在新军的影响下发生了质变，其变化主要是行贿行动减少，收入的费用也减少。这是一个慢慢的过程，虽然帮会感到只要支出少了收入少也不怕，或者还更好经营，但有的帮会首脑还是怕，最初，帮会怕行不通，怕丢失业务，也有人脑筋转不过弯，到后来还是由纤夫帮并吞各漕运帮，或各漕运帮成为纤夫帮的下属帮会，由纤夫帮管理。因为纤夫帮是成立不久的新帮派，许多旧习气旧做法都不存在，或没有实施过，在人员上也是增了许多原信王系统的人，或是经过原信王系统培训过的人。其实漕运帮会除少数贵族外，大部分人也是求生活的苦力和一般人。

在此过程中，对皇帝体系接管漕运，漕运总督和文官由表面支持，心里的态度则多样，一般经历发由阳奉阴违，到想法抵制的过程。在此过程中，皇帝系统的人员了解和掌握了漕运的业务，也明确的漕运业务的相关问题。最后，在条件成熟时，由皇令取消漕运总督，漕运的管理权也由文官手中转到皇帝系统的人员手中，到总后勤部成立后，整个漕运业务并入总后勤部。

漕运兵在几个月的发展过程中，是整个个事件的新历者和见证者，也就是在漕运兵的努力下，才顺利的完成的向总后勤总转化和交接的过程。

在后世，物流和运输是一个很大的学问，由文官那种只在衙门中等人来行贿，贿赂高者得批复的管理方式，不适合业务的发展，而漕运是经济的动脉，必须科学的发展，必须按规律办事，按经济原则发展。

在漕运兵的综合防务体系下，纤夫帮也获得了发展，漕运帮派都执行了纤夫帮存在发展的原则，纤夫帮也掌握运河两岸边地区。

总后勤部成立后不久，杨令出任长江提督，总后勤部运河区域由常延年暂时管理。