到了卫满的孙子卫右渠时，由于三代的经营，觉得自己有了些家底和资本，开始逐渐地不把汉朝放在眼里，不仅断绝了对汉朝的进贡，还大肆接纳中原的逃犯。倒霉的是他碰到了一代雄才大略的汉武大帝。

汉武大帝的事迹不消多说，基本上就是一句话概括：我看到的和我听到的地方都要去征服；不听我话的一律灭国。

在汉武大帝打趴匈奴十年之后的元封二年（公元前109年），汉武大帝派了个使者涉何去卫氏朝鲜交涉，要求朝鲜恢复对汉朝的进贡，并不得再接纳中原的逃犯。

结果涉何没有让卫右渠服软，由于畏惧回国后办事不力的处罚，涉何居然在鸭绿江上把送行的一个朝鲜亲王给刺杀了，还向汉武帝谎称杀了一个朝鲜将军。

汉武帝听到这个消息很高兴，封了涉何当辽东郡校尉。而卫右渠则咽不下这口气，出兵攻打辽东郡，杀掉了涉何，这就给了汉武帝开战的最好理由。

汉武帝再一次祭出了劳改犯大军这个杀手锏，出动五万大军，从水陆两路夹击卫氏朝鲜，卫氏朝鲜虽然经过数十年的发展，也算得上是东北一个小强，但哪比得过中原来的正规军，苦撑了几年后，最终被汉朝消灭。

汉武帝在卫氏朝鲜的故地上设了乐浪、玄菟、真番和临屯四个郡，这也是中原王朝第一次在朝鲜境内设置正式的郡县机构，其中玄菟郡的郡治所在就叫高句骊县，这也是高句丽第一次正式见诸于史册。

由于朝鲜四郡地广人稀，大批的小部落存在于高山峻岭或是茫茫草原中，过着渔猎或者是游牧的生活，很难象普通的农耕式汉族区域那样进行管理。

加之朝鲜离汉朝的中心区域太远，因此只能采用类似隋朝对岭南地区的统治方式，即羁縻制度，汉朝官民只居住在郡县的城池中，而城外广大的区域则通过对当地的部落首领许以官职，实施间接的管理，所以汉朝对朝鲜四郡的统治力，是非常薄弱的。

在卫氏朝鲜之北还有一个国家叫扶余国，建立于中国的战国末期，西接鲜卑，南临朝鲜，国人是《论语》里说的东边九夷中的凫臾人，看到卫氏朝鲜灭国的惨状后，吓得主动向汉朝进贡，才躲过了一劫。

扶余国传到第三任君主以后，由于没有儿子，王位让给了他的弟弟解于娄，结果有个叫高豆莫的人，是在扶余国避难多年的前萁子朝鲜王族后裔，一看到机会来了，便起兵与之相争，最终赶走了解于娄，占了扶余国的一大块地盘，称为卒本扶余，而原扶余国的宰相在剩下的国土上建立了北扶余国。

至于斗败了的解于娄则一路向东逃，一直逃到今天朝鲜东海岸处的迦叶原，建立了东扶余国。

西汉中后期的时候，东扶余国金蛙王有个庶子叫朱蒙，因为在国内不受待见，便向南跑到了属于卒本扶余的玄菟郡高句骊县一带，娶了卒本扶余末代国王的女儿，成功地兼并了老丈人的国家，并在这里慢慢地发展

朱蒙用了包括比箭赌地盘在内的各种手段，恩威并施，吞并了一大堆周围还处于原始部落阶段的小部落，渐渐地发展壮大起来，最后正式在原卒本扶余的故地建立了高句丽国，名义上仍归玄菟郡所管辖。

朱蒙早先在东扶余国的时候有老婆礼氏和儿子类利，他跑出国时并没有带着老婆孩子，后来在高句丽又娶了原卒本夫余国国君的女儿，生了两个儿子沸流与温祚。

等到朱蒙后来发达了，成了一国之君后，原来在东扶余国的老婆孩子也被他接了回来，类利被立为太子，而另两个儿子知道以后在高句丽没有自己的容身之处，就带着自己的部众一路向南，跑到汉江一带。

朱蒙的小儿子温祚最后建立了百济，并顺便把两百年前萁子朝鲜的那个残余马韩国给吞并了，因此从血缘上来说，百济和高句丽可以说是同根同源。