后来，在秀保的强烈要求下，驹姬的遗体由他亲自护送，被好生安葬在了江户那方别院中，秀保临终前更是嘱咐将自己的衣冠冢设立其中与之为伴。

院子由贤仁亲王一脉精心打理，种满各种梅花，花开之际，香飘四溢。久而久之，后人称之为“梅园”，年轻情侣都会到园中祈求爱情，也不知是否真得眷顾，来此处真心祈求的情侣，终成眷属的概率竟相当之高。

伊人已逝，历史却还在继续滚动着。秀保将悲痛转化为力量，在征得孝明天皇同意后，继续大刀阔斧地推行改革。

首先便是对国内地方制度进行改革，将原有的国—郡—乡（村、町）三级，改为州（畿、府）—郡—县—村（町）四级。州长官为太守，郡长官为郡守，县长官为知事，长官驻跸办公之所称“厅”。

具体而言，一是将之前的六十八个令制国并分拆撤为州府，最大限度提升效率的同时，增强对地方势力的掌控。如，隐岐、出云、石见国合并为云州，丹波、丹后合并为丹州，对马、壹岐、筑前合并为太宰府，山城、河内、摄津并为京畿以宿卫京都；拆肥前彼杵、松浦郡为长崎府（后并入太宰府）；拆陆奥为松、磐、陆、泽、奥五州，拆出羽为出、羽二州等。

郡一级，大郡直接下设县，小郡则有两种变化，一是合并为大郡，二是和乡一同变为县，目的在于加强对基层的治理，削弱豪族、地头的影响力。如，美浓原有二十一郡，改革后变为八郡、二十五县。

这一改革对地方势力的影响颇大，幕府初期的设立的“藩”被废除，取而代之的是统一的官位，形式上将藩纳入朝廷管辖。

如，原若松藩主蒲生氏，不再称藩主，而是以“松州太守，行方、石川二郡守”之名管理本领，意味着松州全境及磐州行方、石川二郡为其管辖。

又如，三木藩主福岛氏，管辖东播磨七郡，称“播州通判、明石等七郡守”，通判是州第三位的官职，一般为虚职，授予该州势力最大的大名。

战乱时期，武士可凭借军功换取领地，甚至成为大名；但和平时期，武士对大名来说失去了价值，自身也丧失了发展空间。

特别是“永宁双令”和“参勤交代”的推进下，一些大名、分家更是无法维持庞大的家臣团，不仅导致藩政困难，也造成了大量浪人的产生，对日本的发展和社会治安都造成巨大影响。

鉴于此，秀保对之前的“王土奉还”进行修改，在避免引起大名激烈反应的前提下，朝廷颁布《版籍奉还诏》，鼓励大名向朝廷交出对土地和人民的封建领主所有权。

“版”指土地，“籍”指户籍（人口），促使地方大名势力进一步解体。

对于不愿奉还的大名，朝廷也不逼迫，但是对其日常政务进行诸多限制。例如：

非朝廷准许不得募兵，兵员、家臣团增减均需报朝廷批准；

征税由朝廷派出奉行进行监督，标准亦由朝廷制定，地方不得随意改动；

削减的家臣、兵士由大名出资安顿，财政困窘的大名亦可以知行作保向朝廷借贷。

而奉诏大名不仅可以此彻底免去财政困难，并能获得朝廷实授的爵位和相应的待遇，特别主动的还会获得爵位晋升，并在朝中谋得实职，这一点颇有宋太祖“杯酒释兵权”的味道。