当时，每年都有边警，天下发大水，长江南北尤其严重。李贤外筹划边防策略，内请宽恤百姓，废除国家的一切征敛。朱祁镇采用他的建议，四方得以安宁，民力得到复苏。空中传出声响，代表天有异象，朱祁镇想祈祷消灾，命李贤撰写青词，李贤说君主不体恤百姓，导致天下怨叛，这才有鼓妖作祟。李贤于是请实行宽恤之政，又请停罢江南织造，清理锦衣卫监狱，停止边臣所上的供奉，停止内外采买之举。朱祁镇很为难，李贤坚持他的意见，连续四次向朱祁镇争取，李贤的同僚都很害怕，李贤退下后说：“大臣应当知无不言，难道能卷舌偷位吗？”终天顺一朝，李贤任首辅，吕原、彭时辅佐他，但李贤受朱祁镇委任最专。</p>

当初，御史刘浚弹劾安远侯柳溥兵败之罪，触怒了朱祁镇，李贤说御史是国家耳目之官，不宜谴责，石亨诬陷李贤曲护刘浚，朱祁镇渐渐疏远了李贤。不久才醒悟，又待之如初，李贤常常独自与朱祁镇谈话，很久才出来，一有事情，朱祁镇一定召李贤去问这样处理是否可行，或者派宦官去询问李贤。</p>

李贤务持大体，尤其以珍惜人才、广开言路为急务，他所推荐的年富、耿九畴、李秉、程信、姚夔、崔恭、李绍等人，都是名臣。李贤时常劝朱祁镇召见大臣，凡有所推荐，必定先与吏部、兵部讨论后再定，他入宫应对朱祁镇时，朱祁镇询问文臣情况，李贤请他问王翱；问武臣，则请他问马昂。这两人在左右辅佐，因此李贤言无不行，而人们也不担忧李贤专权，只有众小人与李贤为难。</p>

当时，锦衣卫指挥使门达弄权，而锦衣卫的官校也恣行残暴，造成严重的祸患，李贤多次请求禁止，朱祁镇召来门达，予以告诫、劝谕。然而门达恃宠更加骄横，李贤找机会又向朱祁镇陈述门达之罪，朱祁镇又召门达前来，多加告诫。自此以后，门达对李贤恨之入骨，他曾在朱祁镇面前进谗，称李贤接受大臣陆瑜的贿赂，助其升任刑部尚书，朱祁镇颇感疑惑，以至于在半年内都没有下达陆瑜升官的诏命。</p>

到门达审理锦衣卫都指挥佥事袁彬一案时，拷问为袁彬申冤的军匠杨埙，门达诱导杨埙指认牵连李贤，杨埙假意答允道：“这些为袁彬申冤的，都是李学士教我的。”门达大喜，当即请求让三法司在午门外会审杨埙，朱祁镇派宦官裴当前往监视审理过程，门达本想逮捕李贤一并审理，裴当予以阻止，才使李贤免于受辱。在会审中，杨埙翻改供词，说：“我是地位低下之人，怎么能见到李学士，这些话都是门锦衣教我的。”门达大惊，神情颓丧无法开口，此事最终以杨埙监禁、袁彬贬调南京收尾，而李贤也得以保全。</p>

朱祁镇病危时，卧于文华殿，正好有人向朱祁镇离间太子朱见深，朱祁镇被谗言动摇，暗中告诉李贤此事。李贤叩头伏地说道：“这样的大事，愿陛下三思。”朱祁镇说：“那么一定要传位给太子吗？”李贤又叩头说：“如此则宗庙社稷幸甚。”朱祁镇起身，立即派人召朱见深来。李贤扶着朱见深，令他向朱祁镇致谢，朱见深抱着朱祁镇的腿哭泣，朱祁镇也为之流泪，谗言因而没有得逞。</p>

朱见深初即位，便命廷臣议上两宫尊号，宦官夏时承周贵妃旨意说，说英宗原配钱皇后久病，不当称太后，而贵妃是宪宗的生母，应该独上尊号。李贤说：“遗诏已经做了规定，何用多言？”彭时说：“李公的话很对。朝廷所以能够服天下，就在于正纲常。如果不这样，损害圣德不小。”过了一会儿，夏时又传出贵妃的旨意说：“子为皇帝，母应为皇太后，岂有没有儿子而称皇太后的？宣德年间有过惯例。”李贤脸色都变了，看着彭时，彭时说：“今日之事与宣德年间的不同。胡皇后上表让位，退居别宫，所以在正统初年没有给她加尊。现在名分固在，怎能相比？”夏时说：“如此你们何不起草让位的表文？”彭时说：“先帝在世时没有实行，现在谁敢起草？如果做人臣的曲意顺从，那将是万世罪人。”夏时厉声警告他们。彭时拱手向天说：“太祖、太宗神灵在上，谁敢有二心？钱皇后无子，臣能谋到什么利益而为她争？臣所以不忍沉默，不过是想保全皇上圣德而已。如果皇上推大孝之心，则两宫并尊为太后为宜。”李贤也极言此议，朝议才最终确定。</p>

同年春，李贤借助天生异象之机，与同僚一同上书劝朱见深坚持“敬以修身，正以御下，刚以断事，明以察微”，以消弭天灾。次日，李贤又趁机请求释放浣衣局中被没官的宫女。朱见深听从，朝廷内外闻讯，都非常高兴。五月，天降大雨及冰雹，大风刮走瓦片，吹倒郊坛的树木，李贤说：“天威可畏，陛下应当凛然醒悟，不要亲近左右近幸之臣。要推崇信任老成之臣，共商国事。”有关官员请造卤簿。李贤说：“内库中还有没用过的。如今恩诏刚刚颁下，正要节财俭用，为什么又要干这些事？”朱见深即日压下了这一建议。每逢灾变，李贤一定与同僚极力陈言，毫不隐瞒，对于朱见深即位之初的朝政举措，李贤劝诫尤为恳切。</p>

门达被逐出后，他的党羽多投匿名信陷害李贤，李贤因此请求辞官，朱见深下诏慰留。朱见深废吴皇后，言官请诛杀宦官牛玉，言词中牵连到李贤，还有人造流言蜚语陷害李贤，朱见深命卫士住在李贤家中，保护他出入。李贤上奏称，荆襄地区虽已遣将前往征讨，但其间山林深阻，流民职聚众多，起事者闻大军南下，必邀劫流民为其同党，其流民亦恐官军一并剿戮。因此其势必越来越大，也越难于扑灭。宜降圣旨榜文，开谕流民，各安其业，有能擒斩起事首领者，比官军加倍升赏。朱见深以为其言有理，遂诏谕兵部尚书王复按其言行事，以抚谕荆襄流民。</p>

李贤遭父丧，朱见深下诏予以起复，李贤三次推辞，都未获准许，朱见深派宦官护行，为他的父亲营葬。李贤回到京师后，又推辞，朱见深派使者宣示他的心意，李贤才入阁视事。后来，李贤在家中去世，终年五十九岁，朱见深闻讯后，十分惊愕悲悼，为其辍朝一日，按例赐祭葬。并追赠特进光禄大夫、左柱国、太师，谥号“文达”，录李贤之子李璋为尚宝司司丞。</p>

李贤入阁后，举贤任能，以惜人才、开言路为急务，名臣多为其所识拔。他为人耿介忠直，深受英宗宠待。</p>