被淹死的士兵只是一小部分，大部分士兵逃生至鹰岛。当他们发现自己被抛弃，万念俱灰，只得“伐木作舟为归计”。

一直瑟缩在附近的日本人兴奋起来，立即发射“鸣镝”（响箭）发动攻击。首领一挥战刀：“牙机给给（日语：冲啊）”，第一个冲向元军。宽袍大袖免裆裤塔拉板、头顶一根猪尾巴竖辫的日本武士双手紧握战刀踢里扑路跟在后面。

鹰岛上的元军战心已无，混战一天后弹尽粮绝，或死或伤或降，全军覆没。

日本俘虏了数万元军。他们把蒙古人、高丽人、北方汉人都杀了，只留下唐人。日本人管北方汉人也就是原金国的汉人叫汉人，管南方汉人也就是原南宋的人为唐人。日本人认为北方汉人已经被金人杂交了、同化了，不再是纯种的汉人。只有南方汉人还保留着原汁原味的汉唐文化，是纯种的汉人。日本人一向敬仰唐朝，对“唐人”也另眼看待。

“神风”再次救了日本。

不过根据后世的研究，元军东征失败与其说败在神风之下不如说败在经验不足上面。东征元军的战船多是平底船。这种船吃水浅，抗风浪能力差，适合在内河航行，不适合跨海作战。另外，根据考古发现，沉船碎片没有一块超过三米，大都是一米以内。这就是说，战船是用小块木板板拼接而成。这样的战船别说台风就是普通风浪也难以承受。这可能是赶工期赶出的豆腐渣工程。

还有一点也非常重要，元军舰船停泊时靠得太近。史书说元军将领张禧率部到达日本后便让士兵弃舟登岸，安营扎寨，然后“约束战舰，各相去五十步止泊，以避风涛触击”。言外之意，别人不愿费事筑造壁垒，安营扎寨，就让士兵睡在船上，并且停船时挨得很近，没有想到防风浪的事情。有说法是元军为了减少船的摇晃，用铁链把战船都锁到一起，就像曹操在赤壁做的事一样。结果台风来了，挨在一起的战船互相碰撞都撞烂了。“禧所部独完”，只有张禧的战船完好无损。

不管怎么说吧，元军第二次东征大败而回。

忽必烈不甘心失败，意欲三攻日本。他安排江南人为他建造海船，提供水手，准备组建海军。

他先前造船是找高丽人。但是事实证明，高丽人造船水平太差，净糊弄事。他让造船技术高超的江南人为他建造适合海战的战舰。

但是一方面时间紧任务重，江南百姓苦不堪言，另一方面江南人仇恨蒙古人，不愿意为蒙古人做事，江南因此民变频发。

“江南盗贼，相挺而起，凡二百余所，皆由拘刷水手，兴造海船，民不聊生，激而成变”。

忽必烈只得暂停东征计划。

另外，原先臣服元朝的占城（南越）现在又反叛元朝，忽必烈认为征讨占城比征讨日本更重要。打下占城，以占城为跳板征服“海外诸藩”，向东南亚扩张，比东征日本小岛更具有价值。日本太穷了，什么资源都没有。“其地多山水，无耕桑之利”，占领了也没什么意思。而东南亚无论是面积还是资源都比日本多。

占城是安南（越南）的属国，先前随安南一起臣服蒙古。忽必烈在占城设置行省管理，计划利用占城作为远征军的后勤基地，让占城提供军粮。占城不干，反了。元朝的扩张计划被打乱。忽必烈对此非常恼火。他放下日本，派新附军南下征讨占城。

他东征和南征都有借机消耗新附军的意图在里面。从这个角度讲，东征还是南征都无所谓。

1283年，元军千艘战舰从广州出发横穿南海杀向占城。

占城集结20万人迎战。两军一交手，占城一战死五万，二战死六万。这仗没法再打下去了，占城向元军投降。元军以为完成了任务，接了降表，撤出占城。可谁想到，元军前脚走，占城后脚又反了。

忽必烈大怒，派兵借道安南再伐占城。他知道安南跟占城是一气的，打算假道伐虢连同安南一起实施占领。安南也不傻，看出忽必烈的歪心眼儿，拒不借道。元军于是先向安南发动进攻。

跟安南的战争把元军拖进了泥潭。

安南山高林密，酷热难耐。元军既不适应那里的气候，也无法发挥骑兵的优势，战斗力大打折扣。安南兵如果主动迎战，元军一定能战而胜之。但安南人不跟元军硬拼，不在意一城一地的得失，连都城都不要了，钻进丛林跟元军打游击战。这下元军没辙了。他们受不了安南的酷热，疫病在军中流行，最终只能选择撤军。安南这时来了精神，沿途设伏袭击元军。元军死战得脱，损失惨重。

忽必烈不服气，组织更大规模的征讨。

1287年，忽必烈派兵九万多人再讨安南。

元军杀入安南，“凡十七战，皆捷”。安南军队一面诱敌深入，坚壁清野，一面派兵袭击元军的粮道。很快元军因为缺粮而后撤。

安南军队抄小路抢在元军前面在元军必经的河道里埋下暗桩。元军到达后，安南军队利用涨潮之机发动进攻，然后假装败退将元军引入伏击圈。元军进入伏击圈后，两岸伏兵四起。与此同时，潮水迅速退去，露出河里的暗桩，元军的战舰东倒西歪，淹死元军士卒无数。元军溃败，夺路而逃。

元军两次南征安南都是大败而回。

越南不好打。蒙古人没打下来，美国人也没打下来。越南人像地老鼠一般往丛林里一钻，你得撒多大网、用多少人才能把它逮着？再先进的武器在这也不好使。打进去容易，待下去难，成本太高。

忽必烈不死心，还想打下去。但西北汗国进攻元朝使他不得不暂停扩张计划，御驾亲征来犯之敌。