内战第二阶段——军阀混战因此爆发。

和楚汉相争相比，如果把刘玄和樊崇比做刘邦和项羽，那么刘秀就好比做了齐王的韩信。

拥有“举足轻重”实力的韩信不肯背叛刘邦，是因为刘邦待他不薄。而刘玄做人不厚道，杀了刘秀的哥哥刘演。刘秀拥有了“举足轻重”的实力后，跟刘玄决裂，自立为帝。

当初绿林军讨论推举刘氏为帝时，一部分人支持刘縯，一部分人支持刘玄。支持刘玄的人先发制人拥立刘玄为帝。刘縯只能接受现实。

昆阳之战后，刘縯、刘秀兄弟威名震天下。刘玄感到自己的地位受到威胁，打算除去刘縯兄弟。他借口刘縯的部将抗命不遵，将其斩首。刘縯不服，跟刘玄理论。刘玄趁机将刘縯一起杀掉。

刘秀看破刘玄的意图，没有露出半点悲愤之色，相反替哥哥向刘玄谢罪。刘玄没有借口杀他，放他一马。

刘秀当时只是个中级将领，没有实力跟刘玄对抗，只能把怨恨埋在心底。等他成为割据一方的诸侯后，宣布跟刘玄决裂。

公元25年，刘秀自立为帝，国号为汉。史称刘秀为光武帝。

光武帝刘秀与更始帝刘玄分庭抗礼

感受到刘玄正在与樊崇交战对光武帝无可奈何。光武帝一边等着坐收渔翁之利，一边趁机攻城略地。他率军南下攻克了洛阳。

光武帝在洛阳建都，正式建立政权。历史称光武帝刘秀的政权为东汉。

绿林军在赤眉军的攻击下爆发内乱。绿林军将领打算放弃关中回南方。刘玄不同意。绿林军将领便攻打皇宫，打算挟持刘玄，逼他就范。刘玄逃出长安，在城外召集支持自己的军队准备反攻。他怀疑王匡是叛军的幕后主使，打算杀了他。王匡得到消息率军逃进长安与叛军合流。刘玄把前线部队调回来反攻长安。经过一个月的激战，刘玄打败叛军，夺回长安。王匡带着叛军逃出长安投降了赤眉军，然后又带着赤眉军杀回长安。有人打开城门放入赤眉军。长安遂告失陷。刘玄只得投降赤眉军。

樊崇立了一个叫刘盆子的孩子为傀儡皇帝，宣布继承汉朝的江山。

光武帝岂能允许他人染指汉室江山，立即督兵西进与赤眉军争夺天下。

赤眉军出身盗贼，军纪很差，占领一城劫掠一城。百姓痛恨他们。绿林军也不肯归顺。绿林军打算劫回刘玄，重树大旗。赤眉军得到消息杀死刘玄以绝后患。这下更加刺激了绿林军。绿林军视赤眉军为仇敌，与赤眉军展开激战。

汉军西进过程中几乎没遇到抵抗，顺利杀入关中。

赤眉军在长安待不下去了，纵火焚烧长安后带着抢来的金银财宝逃回山东。

昔日繁华的大都市在赤眉军走后变为一片废墟。

长安城不但被兵火所毁，连坟墓都难逃厄运。赤眉军为筹措军费在洗劫长安后又挖坟掘墓。汉朝帝陵遭到毁坏。汉武帝的陵墓是帝陵中规模最大、葬品最多的陵墓。赤眉军挖开武帝陵后，搬了几十天才搬走里面随葬品的一半。汉武帝嘴里含的玉珠也被他们抠去。他们挖开吕雉的墓，见吕雉的尸体栩栩如生，在盗宝之后竟忍不住干起奸尸的勾当。

光武帝指挥军队沿途截杀赤眉军。赤眉军的残兵败将在宜阳（河南洛阳宜阳县）被光武帝包围。樊崇走投无路投降了刘秀。刘盆子将传国玉玺献给了光武帝。

拿下赤眉军，光武帝在中原已经没有了对手。虽然光武帝占领的地盘只是天下的三分之一，其他大部分地方还在大大小小的军阀手里，但已不足为虑。