宋应星一生致力于对农业和手工业生产的科学考察和研究，收集了丰富的科学资料；同时思想上的超前意识使他成为对封建主义和中世纪学术传统持批判态度的思想家。

宋应星的主要贡献表现在他把中国几千年来出现过的农业生产和手工业生产方面的知识作了一个总结性的工作，同时也对技术经验作了总结性的概括，并且使它们系统化、条理化，然后著述成书使之能够流传下来。宋应星所著书籍收录了农业、手工业，诸如机械、砖瓦、陶瓷、硫磺、烛、纸、兵器、火药、纺织、染色、制盐、采煤、榨油等生产技术。在农业方面宋应星对水稻浸种、育种、擂秧、耘草等生产全过程作了详尽的记载。

尤其是《机械》篇详细记述了包括立轴式风车、糖车、牛转绳轮汲卤等农业机械工具，具有极高的科学价值。

宋应星是世界上第一个科学地论述锌和铜锌合金（黄铜）的科学家。

宋应星注意从一般现象中发现本质，在自然科学理论上也取得了一些成就。分别体现在生物学、化学和物理学方面。

宋应星对发展和完善当时大学堂的教材也起了重大作用。

宋应星当时具有不可替代的不可比拟的重大作用，在此崇祯心里，出任科学院院长之职，无可争议。

对于宋应星的任职，当时的文官集团竟然出现了群体性的反对，文官反对者也许并不管谁出任科学院院长之职，但是坚决反对宋应星出任中书令一职。

反对者的借口是宋应星只是秀才，举人都没考取，不可任官。

原先徐光启有功名，已经是礼部尚书，出任中书令，资格资历都无可指责。

年初恢复中书令时，也许伍鸿友都有人不支持，因为伍鸿友是崇祯元年授的功名，到崇祯六年初，出任中书令资历尚浅，由于有颜毅敏也出任中书令，文官众人把矛头指向了颜毅敏。

现在又是一个只是秀才的人出任中书令，出现了更多的文官反对。也许众人并不是对宋应星不满，而是挑战皇帝任命没有举人以上的功名的人为高官。

如果没有功名的人都能任官，那些拚命考取功名的人还考什么功名。有功名的人的利益都可以随意侵犯，那有功名的人还能是社会中的中坚力量吗？

宋应星也没想到会有那么多人反对自己，私下向皇帝提出，只接任科学院院长之职，不接任中书令，甚至说，只想集中精力发展科学，不想为那些繁琐的社会事务分散精力。

崇祯一边要求宋应星好好地做事，要克服困难发展科技，象戚继光发展军事要样游走于官场，才能更好的发展。一边说明，这不是个人的事，而是天下大事，天下大事，只能按天下的要求办。

崇祯朝的文官，经过魏忠贤的打击，限制皇权没在明朝中期限制正德或嘉庆那么严厉，但也想维护士族的利益，限制非功名者进入士族。

此崇祯却是认识到此问题是国体问题，国家的发展是按士族的利益，按士族的观念发展，还是按当时天下的要求而发展，当时天下到了非发展科技的时期，而文官不但不重视科技的发展，也看不到科技的作用。

文官以太祖已定下了皇帝与士大夫共天下的原则，科举是选官的方式，有的少部分文官，甚至不是为了争利，而为了争明朝的原则。

此崇祯自然是当做一场与文官之战在进行抗争，为天下万民的原则不可能动摇，有时通过朝堂说理，有时回避众官，有时甚至心里在发气。

崇祯在最气的时候，甚至在心里说过，“废除科举，消徐士族存在的基础，人才和官员择优录用。”也想过，“我的来到，不仅是为了维护明朝的存在，而是为了中华民族的命运，明太祖说的任何言论都是必须尊守的原则吗？”实际上，那只能心想想一想，条件不成熟，不能说出口。

此崇祯很清楚，当时的争斗不是单纯的口舌之争，而是天下万民与士族之争，崇祯一定会用各种方法打败士族，维护天下万民的利益。

文官和士族也是不团结的群体，即集体维护士族的利益，也时刻把党争放在心里，在许多人心里，增加一、二个高官，只是排挤对方党的名额，对自己一方影响不大。久而久之，反对意义也不了了之。