其后，大明军队在琉球国王的帮助下对琉球的岛屿进行有效的控制，还在安排主要岛屿事务的十多天后，传来萨摩援兵到的消息。

日本萨摩藩紧急拼筹了五千陆军和少量水军来琉球，本想来增援，但原先的日军已战败并被控制，增援就变成为再占领。

萨摩陆军还是冷兵器为主，有少量乌铳也较落后，射程和准确度都不行，也还没有经过大规模的火器运用的训练，和老式明军差不多。海军也就是二十多只沙船，且炮火陈旧，射程较短，火力不足，船大都二百料左右，与大明的船队不是在一层次的水平上。

明军以优势的舰船和九千精锐陆军对五千老式日军，同样以很大的优势，在海陆两方面都迅速打败了萨摩军。明军乘势向北攻击，一直打到萨摩藩的都城前。

萨摩潘只是日本九州岛上的一个藩主，当时日本处在战国期后，表面上日本几百个藩主或大名已统一于幕府将军，由将军统治日本天下，实质上还有几百个大名或藩主存在，有许多藩主自己拥有军队，只是表面上服从将军。

萨摩藩离日本将军的住地京都较远，且是归顺日本将军较晚的大名，与将军处于离与合的复杂状态，也就是处于与将军或其他大名的关系较为紧张状态。

原先萨摩损兵八千就有伤筋动骨之感，现在大明兵临城下，更感紧迫。结合日本当时的形势，萨摩一旦没有自己的实力，什么都不是，面对如此战力的大明军队，自然产生的求和之意愿。

能和谈并迅速结束战争也是大明所需，明军自然愿和谈，并以调停者的身份出现于和谈，提出的要求也不高，希望琉球国与萨摩国互不侵犯，并划定边界，也就是说，萨摩不能再控制大明的藩国琉球了。

萨摩对于不能再控制琉球的事实只能接受，对于意示性的表示一点赔款也愿意，但对划定边界却有难色。明军的条件九州岛南方的小岛归琉球所有，琉球军和明军退出九州岛。

种子岛原先习惯上归萨摩管理，是九州岛对外的重要港口，但现已被明军舰队占领，并在此见视了明军舰队的炮火。萨摩人也在萨摩都城见视了明军陆军的炮火，如果再战，也无力夺回种子岛，反而都城要被攻陷。

如果再战，萨摩藩即使不被琉球或大明占领，也会被其他日本大名爪分。经过反复挣扎，最后同意放弃小岛，保留大岛的和平条件。因为日本各大名之间的战争的战败者，也要割让边境地盘。

种子岛，原李旦居住和贸易的小岛等岛也归了琉球，南方习惯上与琉球联系的众岛链也明确的归入了琉球的范围。九州的其他藩主也没有能力面对大明军队，无力对南方小岛的归属提出异议或事实上做出任何改变。

大明结束了日本事变，也就把精力转回到国内，琉球也专心搞好自己群岛的建设，日本的兴衰再也与大明和琉球关系不大了。

事后，杨普舰队撒走，浙江舰队留在琉球，琉球旅也招收琉球的人，编练成加强旅，一个整编旅可出征，以集中优势兵力执行任务，半个旅守国。