深夜，纽约市下水道中阴暗潮湿，四只绿色的乌龟悄然行动。它们，分别是拉斐尔、米开朗基罗、唐尼和莱昂纳多，隐藏着无比的力量和智慧。这四只平凡的乌龟在一次意外的事件中，被一种神秘物质浸泡，竟然产生了异变。它们的体格变大，智力急剧提升，每只乌龟还掌握了独特的元素力量。由一位古老的忍者大师教导，它们成为了新时代的守护者，与恶势力抗衡。

这个夜晚，一则谜样的消息传来，称纽约市某处出现了一个古老神器。据说，这个神秘宝石蕴含着无穷的力量，能改变现实。四只忍者神龟决定亲自前去调查。

在一座正在建设的高楼大厦中，一场名为“奇迹展”的活动正在举行。人们聚集在这里，欣赏着各种先进的科技成果。楼上高台上摆放着一颗散发着神秘光芒的宝石，引起了众人的好奇。

“我们要找的宝石就在这里！”唐尼用机智的眼神注视着那颗闪烁的宝石。

然而，就在四只忍者神龟靠近宝石时，宝石突然散发出强烈的能量波动。光芒闪耀，将四只神龟困在原地，身体仿佛被一股无形的力量束缚住。

“发生什么事情了？”米开朗基罗惊讶地喊道。

就在此刻，一位身穿黑色忍者服的蒙面人出现在众人面前。他手持忍者刀，一挥间，空气中仿佛生出涟漪，宝石周围的能量被割裂开来，解救了四只忍者神龟。

“多谢相助！”拉斐尔诚挚地向这位神秘忍者表示感激。

神秘忍者微笑道：“我也是来调查这个宝石的，看来我们有共同的目标。不如合作起来。”

众人一拍即合，他们决定携手合作，防止宝石落入邪恶势力之手。神秘忍者自我介绍他是闪影，一个以寻找古老神器为己任的游侠。随着交流，影影透露了一些宝石的背后传说。这颗宝石被称为“元素之心”，相传是古代神明所创造，能够操控元素力量，拥有它的人可以获得无穷的力量，但也会面临巨大的危险。

然而，元素之心在数百年前失踪，如今它的出现引起了众人的关注。影影表示，邪恶的“影踪教团”似乎对宝石产生了浓厚兴趣，他们希望将其用于破坏和征服。为了阻止这场灾难，众人决定前往影踪教团的秘密基地，争夺元素之心。

于是，四只忍者神龟、神秘忍者影影以及美女记者艾普利尔展开了一场冒险之旅。他们穿越城市的暗巷、古老的地下隧道，一路躲避着影踪教团的追踪和陷阱。

最终，众人来到了一个废弃的地下神庙，那里被认为是元素之心的隐藏之地。然而，他们发现影踪教团早已占据了这里，准备启动一个仪式，将元素之心的力量彻底释放出来。

众人不得不展开一场惊心动魄的战斗。四只忍者神龟发挥各自的特点，与影踪教团的刺客展开激烈交锋。神秘忍者影影以出奇制胜的战术，让对手防不胜防。而美女记者艾普利尔虽然没有武功，却用自己的聪明才智帮助众人寻找机会，分析对手的弱点。