当初围攻成都时，刘备为鼓士气，对将士们承诺：\"如果大事能成，刘璋府库里的东西，任由你们拿去。\"等到成都攻下，将士们便将府库物资分拿一光。急需军费的刘备，又不敢收回诺言，因此日夜担心。刘巴见情，宽慰刘备：\"此事很易解决，只需铸造面值百钱的铜板通用，统一物价，实行公卖制度即可。\"刘备采纳刘巴的这个建议，数月之间，府库即告充盈。

刘备取得益州，如何维护社会治安稳定成为首要议题。为此，刘巴又与诸葛亮、法正、李严、伊籍等，共同制定《蜀科》，奠定了蜀汉政权的法制基础。

公元219年秋，刘备自称汉中王，任命刘巴为尚书。莅年，尚书令法正病逝，刘巴接任。公元221年四月，刘备准备称帝，刘巴便为刘备起草了登基时所需的各种祷文、诏诰、文书。

刘巴为人清廉简朴，从不置办家产蓄财。他深知自己半路出家于刘备，难免会受到那些一开始就跟定刘备的臣将猜忌，所以习惯恭顺安静、沉默寡言，朝堂之下，从不和人交往，且非公事不谈。

刘巴的这一习惯，反过来又给他带来麻烦。一次，张飞因公干到达刘巴辖地，刘巴公事公办，没有理会张飞，张飞因此恼怒于心。诸葛亮得知此情，劝导刘巴：\"张飞虽为武人，但他非常仰慕于你。时下主公召集文武人才，目的就是图创大业。先生你虽然天性清高，但也应该放低一点格调吧。\"

刘巴不以为然：\"大丈夫处世，当交四海英雄，你怎么能教我去和一介武夫交谈呢？\"

张飞是刘备的结义之弟，武功也是了得，出生入死，难道不是\"英雄？\"刘备听了刘巴如此埋汰张飞，很是不爽。

史载，东吴老臣张昭曾就刘巴怠慢张飞一事，与孙权探讨。张昭认为，刘巴心胸过于狭隘，不该如此小看张飞。孙权道：\"如果刘子初取悦于玄德，那么刘子初也就不是那个被称作高士的刘子初了。\"

公元222年，刘巴逝世。不久，曹魏尚书仆射陈群，写信给诸葛亮，探问刘巴近况，陈群在信中尊称刘巴为\"刘君子初\"，可见陈群对刘巴的崇敬。

刘巴所着文章，如《代汉中王上汉帝表》、《先主即位告天文》等，均录于《刘令君集》。