王敦见甘卓犹豫不决，害怕他在背后反对自己，于是派参军乐道融去请甘卓前来支持。但乐道融愤恨王敦目无君上，图谋夺位的行为，于是背叛王敦，要甘卓与他合作，袭击王敦的根据地武昌。甘卓听后终于有了决定，于是派巴东监军柳纯、南平太守夏侯承、宜都太守谭该等人称王敦叛逆，率兵讨伐，又派参军司马赞和孙双到台城上报。甘卓因而获任命为镇南大将军、侍中、都督荆梁二州诸军事，荆州牧，梁州刺史；武昌城中传闻甘卓军已到，众人大惊而离散

罗英被派到广州与陶侃相会，陶侃派参军高宝率兵北上。。

王敦所派的南蛮校尉魏乂，率军二万进攻湘州治所长沙。沙城城池不稳固而又缺乏军需储备，众人都十分恐惧，有人更劝司马承投靠陶侃或退守零陵或桂阳，但司马承坚持要在婴城固守。

司马承劝甘卓直接攻击王敦，同时王敦亦派甘卬向甘卓求和，甘卓再次犹豫，在猪口停驻了数十日仍不前进。

被召还建康防守的刘隗回京时受到百官欢迎，意气自若。入宫后与刁协要求司马睿因王敦叛乱而尽诛琅琊王氏一脉，但遭到拒绝，刘隗因而有惧色。

同时，王导亦率宗族子弟二十多人请罪，被司马睿原谅。王导任前锋大都督，戴渊任骠骑将军，周札为右将军、都督石头城诸军事。又命王廙劝止王敦，但王敦不听。王敦逼近建康时，刘隗被指挀守金城，周札守石头城，司马睿亲自领军在城郊准备迎战。

王敦进攻石头城，周札开城门投降，占据石头城。司马睿命刘隗、戴渊、刁协、王导、周顗、郭逸和虞潭等率军进攻石头城，但都被王敦军打败。

王敦在石头城中拥兵，不入宫朝见司马睿，更放纵士卒四处抢掠，当地大乱，官员都逃走，只余下安东将军刘超率众与两名侍中侍奉司马睿。

司马睿亦只好脱下戎服，派使者向王敦求和。同时，兵败的刁协和刘隗回宫见司马睿，司马睿流着泪劝二人快点逃走避祸，更给予二人人马让他们逃走。刁协行到江乘时被杀，首级被送到王敦那里，刘隗则领家属北逃至羯族赵国。

不久在吴兴响应王敦的沈充攻破吴国，杀害吴国内史张茂。

司马睿后命令百宫到石头城见王敦，及后任命王敦为丞相、都督中外诸军、录尚书事、江州牧、封武昌郡公；王敦假意辞让。

王敦见太子为人勇敢而有略，朝野中人支持他者甚多，王敦于是打算以不孝为名废了他，以免日后阻碍自己专政，但遭到温峤的大力反对，其他人亦同意温峤，王敦无法得逞。

王敦却因周顗和戴渊二人有很高的名声和才能而十分忌惮，将二人杀害。王敦亦更置百官及军镇，影响数百人，但决策朝令夕改，只是随心而作。不久王敦回到武昌，并遥控朝政。后又自行加领宁、益二州都督。”